Les échantillons de salive montrent une meilleure sensibilité pour les premiers stades de la détection du COVID-19 – Serveur d’impression

Des chercheurs du groupe de recherche StopCOVID de l'Université du Maryland ont mené une étude comparant la salive et les écouvillonnages nasaux moyens (MTS) pour la détection de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et ont trouvé la salive plus sensible au début du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SARS-CoV-2).

La salive, en tant qu'échantillon, est moins invasive, plus abordable et peut être auto-collectée avec une supervision minimale ou nulle, ce qui en fait un outil de dépistage à grande échelle attrayant.

Étude : Comparaison des écouvillons de salive et des cornets moyens pour la détection de COVID-19. Crédit d'image : Fotomay/Shutterstock

Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible sur le site medRxiv* serveur pendant que l'article est soumis à une évaluation par les pairs.

Fond

Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis recommandent l'utilisation d'échantillons des voies respiratoires supérieures pour la détection de COVID-19, qui comprennent des écouvillons nasopharyngés (NPS), des écouvillons nasaux du cornet moyen (MTS), des écouvillons nasaux antérieurs et des échantillons de salive. Alors que les écouvillonnages nasopharyngés (NPS) sont considérés comme la norme pour la détection du COVID-19, la collecte nécessite l'utilisation de professionnels qualifiés, peut causer de l'inconfort aux patients et peut présenter des risques plus importants pour les travailleurs de la santé (HCW) lors de l'échantillonnage. Les écouvillons du cornet moyen (MTS) sont donc parfois utilisés comme alternative au NPS dans le but de réduire légèrement l'inconfort du patient et les expositions professionnelles des travailleurs de la santé.

Les études existantes portant sur la sensibilité du NPS par rapport au MTS et du NPS par rapport à la salive ont donné des résultats mitigés. En outre, la plupart des études existantes ont examiné la détection des cas symptomatiques après l'apparition des symptômes et très peu ont examiné la sensibilité de la détection pendant la période pré-symptomatique. L'équipe a donc entrepris la présente étude pour comparer directement le MTS et la salive afin d'identifier une méthode d'échantillonnage appropriée pour une détection précoce et un contrôle efficace de la transmission du SRAS-CoV-2.

L'étude

Des échantillons de MTS et de salive de 58 personnes qui ont signalé des contacts étroits avec des cas confirmés de COVID-19 ont été collectés dans le cadre de l'étude StopCOVID de l'Université du Maryland de mai 2020 à avril 2021. Les participants ont été suivis jusqu'à 14 jours à compter de leur dernière exposition ou jusqu'au SRAS -CoV-2 a été détecté dans leurs échantillons.

Seuls des échantillons de salive et de MTS appariés le même jour ont été analysés pour la présente étude, afin d'assurer la comparabilité des deux échantillons. Des échantillons de salive individuels ont été traités avec de la protéinase K, traités thermiquement à 95°C pendant cinq minutes et maintenus à 4°C. Les MTS des deux narines ont été combinés et l'acide nucléique total a été extrait. Le phage MS2 a été dopé dans chaque échantillon de salive traité thermiquement ou extraction MTS pour contrôler l'extraction et l'échec de la PCR et suivi d'une qPCR en temps réel.

L'échantillon avec des valeurs de Ct (seuil de cycle) < 40 pour au moins deux des trois cibles du SRAS-CoV-2 (ORF1ab, gène N et gène S) a été considéré comme positif.

La corrélation entre les valeurs Ct de la salive et MTS a été déterminée. Le Kappa de Cohen a été calculé pour démontrer le degré de concordance entre les deux types d'échantillons. La régression logistique a été utilisée pour estimer les probabilités relatives de détection du SRAS-CoV-2 sur des intervalles spécifiés depuis l'apparition des symptômes.

Résultats de l'étude

Les contacts (n = 58) avec un cas COVID-19 actif ont fourni un total de 200 paires de salive et de MTS au cours de la période de suivi. L'équipe a détecté de l'ARN viral dans 32 (16 %) échantillons de salive et 29 (14,5%) échantillons de MTS. La fréquence de détection était similaire pour les deux types d'échantillons (p=0,781). Le Kappa de Cohen a démontré une concordance substantielle (κ=0,83) avec 26 (14 %) paires d'échantillons positifs et 165 (82,5%) négatifs.

Les valeurs Ct parmi les participants symptomatiques positifs ont augmenté au fil du temps (jour moins trois à 24), indiquant une diminution de la charge virale. La salive avait tendance à avoir des valeurs de Ct inférieures à celles du MTS des jours moins trois à 1,5, où les échantillons de MTS avaient des valeurs de Ct inférieures par la suite.

Parmi les participants symptomatiques qui avaient un ou plusieurs échantillons de salive ou de MTS positifs, la probabilité (sensibilité) de détecter l'ARN viral dans les échantillons de salive était de 91 % (10/11) du jour -3 au jour 2, était de 89 % (16/18) du troisième au huitième jour et a considérablement diminué par la suite. La probabilité de détecter le virus dans les échantillons MTS du jour moins trois au jour était inférieure de 45 % (5/11), était de 94 % (17/18) du troisième au huitième jour, puis a de nouveau diminué. Au début de l'infection (jours moins trois à deux), la salive avait 12 fois plus de chances d'être positive que le MTS. Bien qu'il y ait eu une tendance à une plus grande sensibilité en utilisant le MTS que les échantillons de salive après le deuxième jour après l'apparition des symptômes, la différence n'était pas statistiquement significative.

Implications de l'étude

Plusieurs études ont montré que la transmission pré-symptomatique joue un rôle plus important que la transmission symptomatique et asymptomatique dans la propagation du SRAS-CoV-2. L'équipe a découvert que la performance optimale de la salive se situait dans la période pré-symptomatique et était plus sensible que le MTS avant l'apparition des symptômes. De plus, la salive avait tendance à avoir des valeurs de Ct inférieures à celles du MTS de la période pré-symptomatique jusqu'aux premiers jours suivant l'apparition des symptômes.

Ces résultats sont importants pour améliorer l'acceptation par le public des tests COVID-19, réduire le coût du dépistage de masse du COVID-19 et améliorer la sécurité des travailleurs de la santé qui effectuent des tests.

"Avec l'utilisation de la salive, le dépistage en grands groupes avec une fréquence accrue peut être plus praticable", souligne l'équipe.

La salive est moins chère que les méthodes par écouvillonnage, surtout si des échantillons regroupés sont utilisés. En outre, il s'agit du seul échantillon des voies respiratoires supérieures suggéré par le CDC qui peut être auto-collecté sans supervision et protège ainsi les travailleurs de la santé d'un contact direct avec les patients lorsque les échantillons sont collectés.

Sur la base des résultats de cette étude et de tous ces avantages de la salive par rapport au MTS, l'équipe recommande l'utilisation de la salive pour le dépistage à grande échelle, en particulier chez les patients pré-symptomatiques.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.