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Dans la course à la fissuration de Covid-19, les scientifiques contournent l'examen par les pairs – Serveur d’impression

Le 6 mai 2020 - 14 minutes de lecture

UNEs le SARS-CoV-2 le virus se propage, causant plus de 800 000 cas confirmés de Covid-19 dans le monde, les chercheurs se bousculent pour en savoir plus sur le virus. Leurs efforts collectifs ont généré plus de 1 900 articles, alors que les médecins et les scientifiques tentent de partager rapidement de nouvelles découvertes entre eux et avec le public.

Des questions urgentes sans réponse concernant Covid-19 sont en jeu: un patient guéri peut-il à nouveau contracter la maladie? Quelles techniques fourniront des tests plus rapides et plus précis? Quelle est l'efficacité de la distanciation sociale pour ralentir la propagation de la maladie?

Ce flot de recherches a mis à rude épreuve un processus scientifique habitué à examiner et publier les nouveaux résultats beaucoup plus lentement. Dans l'édition traditionnelle, les articles sont lus par au moins deux experts dans le domaine – un processus appelé examen par les pairs – qui, au moins en théorie, aide à détecter les erreurs et les données scientifiques non fiables. Le va-et-vient de l'examen et de la révision peut prendre des mois.

Diffuser rapidement des informations pendant une épidémie n'est pas nécessairement quelque chose que l'édition traditionnelle a pu suivre. Dans l'épidémie de SRAS de 2003, par exemple, 93% des articles publiés sur la propagation de l'épidémie à Hong Kong et à Toronto n'ont été publiés qu'après la fin de la période épidémique, selon une analyse réalisée en 2010 par des chercheurs du Institut national français de la santé et de la recherche médicale.

Dans le contexte d'une épidémie, Michael Johansson, biologiste aux Centers for Disease Control and Prevention et chargé de cours en épidémiologie au Harvard T.H. Chan School of Public Health, a écrit dans un courriel à Undark que «les méthodes d'examen traditionnelles sont trop lentes».

La crise de Covid-19 est également devenue un test majeur pour les prépublications – un système alternatif de publication qui avait déjà gagné du terrain chez certains scientifiques qui les voient comme un moyen de rendre leurs résultats disponibles dès que possible.

En réponse, certaines revues traditionnelles ont accéléré leur processus d'examen par les pairs pour les articles sur les coronavirus. Mais la crise de Covid-19 est également devenue un test majeur pour les prépublications – un système alternatif de publication qui avait déjà gagné du terrain chez certains scientifiques qui les voient comme un moyen de rendre leurs résultats disponibles dès que possible.

Avec les pré-impressions, les scientifiques soumettent une ébauche de leurs résultats à un serveur, qui les publie en ligne en quelques jours. (Le document peut éventuellement finir dans une revue à comité de lecture également). Les préimpressions sont librement accessibles à tous, tout comme les erreurs, les lacunes logiques ou les omissions qui pourraient normalement être corrigées lors de l'examen par les pairs.

Étant donné que les prépublications ne sont pas examinées par des pairs, il peut être difficile pour des non-experts – y compris des journalistes, des décideurs et des scientifiques dans d'autres domaines – de déterminer ce qui est important et fondé sur des données scientifiques solides et ce qui ne l'est pas. S'il est largement admis que les préimpressions peuvent être utiles, elles risquent également de contribuer à la diffusion d'informations erronées.

Alors que la crise de Covid-19 apporte un flot de préimpressions, certains scientifiques travaillent maintenant à améliorer les façons d'accéder, d'analyser et de rapporter les préimpressions. Dans cet effort, les chercheurs tentent d'équilibrer les avantages d'un accès rapide aux nouvelles informations essentielles avec la menace d'erreurs basées sur la préimpression qui pourraient provoquer la panique ou être autrement nuisibles.


Til a d'abord préimprimé serveur lancé en 1991, axé sur les articles de physique. Mais les préimpressions ont pris plus de temps à se propager dans d'autres domaines. «S'il y a une fraude ou une erreur en physique, il n'y a pas de conséquences directes sur la santé», explique Vincent Larivière, qui étudie la communication savante à l'Université de Montréal. «Les enjeux n'étaient pas les mêmes que dans le domaine des sciences de la santé, ce qui explique pourquoi il a fallu plus de 20 ans pour que les scientifiques médicaux embrassent réellement [preprints]. " En 2013, des scientifiques du Cold Spring Harbor Laboratory de New York ont ​​lancé bioRxiv (prononcé «bio-archive»). MedRxiv, un serveur partenaire axé sur la recherche en sciences de la santé, a été lancé en juin 2019.

Le système a inspiré des critiques. Dans un éditorial de 2018 de la revue Nature, le communicateur scientifique Tom Sheldon a fait valoir que les prépublications pouvaient nuire à la compréhension du public de la science.

Un mois plus tard, Sarvenaz Sarabipour, boursier postdoctoral à l’Université Johns Hopkins, et huit autres scientifiques ont publié une réfutation affirmant que, compte tenu des pratiques de communication responsables, «les prépublications ne posent pas plus de risques pour la compréhension des sciences par le public que les articles évalués par des pairs». En effet, il existe de nombreux cas de science mauvaise ou incertaine qui passent par l'examen par les pairs – y compris pendant la pandémie actuelle. Et le processus d'examen par les pairs a lui-même été critiqué pour son manque de transparence et pour avoir permis des examens non professionnels et même cruels.

Les organismes de recherche ont également fait valoir que les prépublications pourraient être utiles en cas d'urgence de santé publique, malgré le risque de désinformation. Au cours de l'épidémie de Zika en 2016, plus de 50 organisations se sont engagées dans l'initiative du Wellcome Trust pour le partage de données dans les urgences de santé publique, qui a explicitement encouragé la soumission de prépublications. Depuis lors, plus d'une centaine d'organisations, dont plusieurs grands éditeurs traditionnels, se sont engagées dans la version 2020 de l'initiative.

Depuis le début de l'épidémie de Covid-19, les soumissions de préimpression ont considérablement augmenté. John Inglis, co-fondateur de bioRxiv et medRxiv, a écrit dans un e-mail à Undark qu'ensemble, ces deux serveurs ont déjà publié 1000 préimpressions liées à l'épidémie de Covid-19.

"Plus vous en savez sur le bogue, et plus vite vous le savez, plus vous avez de chances de développer quelque chose pour le contrer", a déclaré Richard Sever, un autre co-fondateur de bioRxiv / medRxiv. «Dans un scénario épidémique, chaque jour compte.»

La combinaison de l'accessibilité et du manque d'examen par les pairs signifie parfois que la science défectueuse passe à travers bioRxiv. Une préimpression publiée sur bioRxiv fin janvier affirmant que les similitudes entre le coronavirus SARS-CoV-2 et le VIH-1 étaient "peu susceptibles d'être fortuites de nature", ont été mentionnées par plus de 17 800 utilisateurs sur Twitter, selon l'outil d'analyse de recherche Altmetric . Des sites de théoriciens du complot influents, dont Zero Hedge et InfoWars, ont utilisé la préimpression pour renforcer la théorie du complot selon laquelle le virus était une arme biologique créée par l'homme.

Les scientifiques ont pris des mesures presque immédiatement, soulignant sur Twitter et dans des commentaires sur bioRxiv lui-même, que, bien qu'il existe de petites similitudes génétiques entre le SRAS-CoV-2 et le VIH-1, ces similitudes sont également partagées par de nombreux autres virus, et tout chevauchement est presque certainement une coïncidence. (Beaucoup de choses – par exemple, les souris et les humains – partagent du matériel génétique; cela ne signifie pas qu'un scientifique a épissé de l'ADN de souris en humains.)

«À certains égards, ce qui semblait être un échec des prépublications était en fait un succès, car en 24 heures, l'erreur avait été repérée par la communauté», a déclaré Sever, «puis en 48 heures environ. [the authors] fait un retrait formel. " Le document est toujours sur le site Web de bioRxiv, sous une bannière rouge vif expliquant qu'il a été retiré.

À titre de comparaison, Sever a noté qu'il a fallu 12 ans à The Lancet – une prestigieuse revue médicale – pour retirer l'étude désormais tristement célèbre qui suggérait que les vaccins provoquaient l'autisme.

«À certains égards, ce qui semblait être un échec des prépublications était en fait un succès, car en 24 heures, l'erreur avait été repérée par la communauté», a déclaré Sever, «puis en 48 heures environ. [the authors] fait un retrait formel. "

Sever a déclaré que même dans les cas où la préimpression n'est pas trompeuse de manière flagrante, la communauté est toujours assez bonne pour relever les petites erreurs, comme une section de méthodes incomplète ou un ensemble de données qui n'a pas été publié. Et les scientifiques sont généralement bons à s'autoréguler également. «Personne ne veut avoir la réputation d’être l’individu qui met du papier à moitié et ne met pas en place toutes les données», a déclaré Sever.

MedRxiv a un processus de sélection plus rigoureux. Claire Rawlinson et Theodora Bloom, co-fondateurs de medRxiv, ont déclaré à Undark que leur équipe avait fait très attention aux préimpressions liées au coronavirus qu'elles publient. "Notre objectif est d'abord de ne pas nuire", a déclaré Bloom. Toutes les préimpressions sont examinées par des experts en la matière, a déclaré Rawlinson, qui est chargé de déterminer si la préimpression pourrait nuire si les résultats s'avéraient plus tard incorrects. Les prépublications sont également vérifiées par un éditeur médical expérimenté.

Pour les prépublications qui prétendent avoir un nouveau remède contre la maladie, ou qui pourraient amener les gens à changer les médicaments qu'ils prennent ou à éviter les outils établis comme la vaccination, l'équipe medRxiv conclura généralement que ces documents à enjeux élevés devraient être examinés par des pairs avant d'être libérés. .

Outre les processus de filtrage, les organisations et les particuliers essaient de nombreuses autres façons d'empêcher la désinformation liée à la préimpression. Après l'incident avec la préimpression Covid-19-et-VIH, bioRxiv a affiché bien en évidence une bannière au-dessus de chaque article expliquant que les préimpressions, y compris celles liées au coronavirus, "ne doivent pas être considérées comme concluantes, guident la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou être rapporté dans les médias comme une information établie. " Il est difficile de savoir si cette clause de non-responsabilité sera suffisante pour empêcher certains journalistes et utilisateurs de médias sociaux de présenter des préimpressions comme une recherche terminée.

La crise a également donné naissance à des réseaux d'examen informels qui aident à analyser et à conserver les prépublications après leur publication. Twitter, en particulier, est devenu une plate-forme importante de commentaires, tant pour les prépublications que pour les articles publiés. Trevor Bedford, épidémiologiste à l'Université de Washington, publié une démystification complète de la préimpression Covid-19 et VIH pour ses 190 000 abonnés. Paul Knoepfler, chercheur sur les cellules souches à l'Université de Californie à Davis, a utilisé Twitter pour exprimer des préoccupations sur les préimpressions qui suggèrent, avec peu de preuves, que les cellules souches pourraient traiter Covid-19.

Les scientifiques utilisent également Twitter pour mettre en évidence des préimpressions particulièrement utiles. Muge Cevik, un virologiste médical à l'Université de St. Andrews en Écosse, compte près de 75 000 adeptes (en ramassant des milliers ces dernières semaines) et publie régulièrement mises à jour de ce qu'elle considère comme les articles et les prépublications les plus informatifs liés à Covid-19.

Des efforts ont également été déployés pour créer un système plus formel de conservation des prépublications dans des conditions de crise. L'un des plus récents, Outbreak Science Rapid PREreview, permet aux utilisateurs de demander, de lire et d'examiner les préimpressions liées aux épidémies. Cependant, jusqu'à présent, la plate-forme a acquis une traction limitée. Les examinateurs n'ont contribué qu'environ 25 avis. Daniela Saderi, neuroscientifique et l'un des cofondateurs de la plateforme, a déclaré que bien que la publication d'une nouvelle plateforme comme celle-ci soit difficile, des progrès sont en cours: les publications JMIR, un éditeur de recherche en santé numérique à accès libre, ont annoncé leur partenariat avec Outbreak Science Rapid PREreview le 27 mars.


jece n'est pas encore clairement si ces mesures seront suffisantes pour empêcher la diffusion d'erreurs liées à la préimpression, et le flot de préimpressions a présenté des défis uniques pour les journalistes qui tentent de rapporter les faits de l'épidémie.

Chaque jour, il y a un déluge de documents, de prépublications, d'articles et d'annonces gouvernementales et de nombreuses personnes qui en rendent compte n'ont pas nécessairement une formation scientifique. Rick Weiss, le directeur de SciLine, un service gratuit qui relie les journalistes aux experts, dit que, comme les salles de rédaction se sont réduites ces dernières années, il n'y a souvent plus de budget pour les journalistes spécialisés, y compris les journalistes scientifiques et sanitaires. Cela est particulièrement problématique maintenant, lorsque le coronavirus joue un rôle dans tant de reportages.

"Dans tout le pays, des journalistes locaux essaient tous les jours d’informer leurs lecteurs, auditeurs et téléspectateurs des faits", a déclaré Weiss. "Beaucoup d'entre eux ne savent pas vers qui se tourner." Atteindre les gens au CDC ou aux National Institutes of Health, at-il ajouté, peut être difficile en ce moment.

Au cours des 2,5 années qui ont suivi la création de SciLine, Weiss a déclaré que l'organisation avait répondu à plus de 1 000 demandes de journalistes pour des scientifiques et que la demande avait plus que doublé pendant l'épidémie.

"Le principal risque pour les médias de publier des prépublications est qu'un travail supplémentaire prouvera que ces résultats initiaux sont incorrects, et nous savons tous combien il est difficile de" défaire "la diffusion d'informations erronées", a écrit Weiss dans un courriel de suivi. "Il n'y a pas de" contrôle Z "dans le journalisme."

Mais, pour de nombreux chercheurs, le risque d'erreur en vaut la peine. «Nous devons souvent agir avec des informations imparfaites», a écrit Naomi Oreskes, professeur d'histoire des sciences à Harvard, qui a beaucoup écrit sur l'examen par les pairs et la confiance du public dans la science, dans un courriel à Undark. "Covid-19 est un cas extrême, mais tout cas où la santé et la sécurité des personnes sont en jeu exige que nous fassions de notre mieux avec les informations dont nous disposons."


Hannah Thomasy est une rédactrice scientifique indépendante qui partage le temps entre Toronto et Seattle. Son travail est apparu dans Hakai Magazine, OneZero et NPR.

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