La rétraction rapide du papier coronavirus a été un bon moment pour la science – Serveur d’impression

UNEs les craintes du roman coronavirus 2019-nCoV ont continué de se répandre vendredi dernier, un nouveau document incendiaire est apparu sur bioRxiv, un serveur de préimpression, où les scientifiques publient des travaux qui n'ont pas été vérifiés.

Intitulé «Similitude étrange d'inserts uniques dans la protéine de pointe 2019-nCoV avec le VIH-1 gp120 et Gag», le document prétendait trouver des similitudes entre le nouveau coronavirus et le VIH, le virus qui cause le sida. L'utilisation du mot «troublant» dans le titre, ainsi que «peu probable d'être fortuit» dans l'abstrait, a conduit certains à penser que les auteurs suggéraient que le virus avait été en quelque sorte conçu par des humains.

Le document, des institutions universitaires de New Delhi, en Inde, était critique et alarmant, si vrai. Sauf que ce n'était pas le cas.

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Le document a été presque immédiatement retiré, mais pas avant de nombreuses écritures manuscrites de chercheurs qui se sont plaints que l'apparition d'un tel travail de mauvaise qualité sur un serveur de préimpression sans examen par des pairs examinateurs est précisément la raison pour laquelle l'ancien modèle obscur de la publication scientifique est meilleur pour empêcher la malbouffe de la littérature.

Sauf que ce n'est pas vrai non plus. L'ancien modèle a ses avantages, bien sûr, mais il est également sujet à la menace de la pseudoscience, des données erronées et d'autres failles – malgré l'armée de pairs examinateurs des revues académiques traditionnelles. Et lorsque ces publications publient des recherches erronées ou erronées, cela peut prendre des mois ou des années pour que les articles soient corrigés ou retirés – s'ils le sont jamais.

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En revanche, la réaction de la communauté scientifique au papier bioRxiv a été rapide. En résumé, les commentateurs de bioRxiv et Twitter ont déclaré que les méthodes de l’auteur semblaient précipitées et que les résultats étaient tout au plus une coïncidence. Samedi matin, bioRxiv avait placé un avertissement spécial sur tous les articles sur le coronavirus. Plus tard samedi, les auteurs ont commenté leur article, affirmant qu'ils le retiraient. Et dimanche, une rétractation plus formelle est apparue: «Ce document a été retiré par ses auteurs. Ils ont l'intention de le réviser en réponse aux commentaires reçus de la communauté des chercheurs sur leur approche technique et leur interprétation des résultats. »

Tout cela s'est produit avant qu'un seul organe de presse, quelle que soit sa portée, ne couvre le journal, du mieux que nous pouvons en juger. Mais rien de tout cela n'a été assez rapide pour certains critiques. «C'est pourquoi les préimpressions peuvent être mauvaises», a déclaré un scientifique sur Twitter. Ce scientifique, Michael Shiloh, m'a dit il avait même utilisé bioRxiv pour publier des préimpressions. "Ce qui me dérange dans cette prépublication, c'est que si ce manuscrit avait fait l'objet d'un examen par les pairs légitime, ces failles auraient conduit à un rejet rapide et ne contribueraient pas aux théories du complot et à la peur entourant cette épidémie", Shiloh a continué.

L’histoire suggère que la confiance de Shiloh dans la capacité de l’évaluation par les pairs à analyser la pseudoscience peut être un peu déplacée. Le papier frauduleux de 1998 qui a déclenché la peur de l'autisme du vaccin a été publié dans The Lancet, l'une des principales revues médicales à comité de lecture au monde. D'autres exemples – y compris un article par un défenseur de la conception intelligente remettant en question la validité de la deuxième loi de la thermodynamique en ce qui concerne l'évolution – abondent. Des articles affirmant un lien entre l'autisme et les vaccins apparaissent presque chaque année.

Et même lorsque des revues à comité de lecture se rendent compte qu’elles ont été reçues, les rétractations peuvent prendre des mois ou des années. Le Lancet a pris 12 ans. Un autre journal a mis cinq ans à retirer un article affirmant que le VIH n'était pas à l'origine du sida. Nous pourrions continuer, et la liste comprend des documents qui n'ont jamais été corrigés.

Ceux qui prétendent que les serveurs de préimpression sont dangereux parce qu'ils manquent d'examen par les pairs – bioRxiv a un processus de filtrage superficiel – reconnaissent parfois que les journaux ont dû accélérer leur jeu pour répondre aux pressions d'une épidémie comme le coronavirus ou le SRAS au début de ce siècle . Angela Cochran, présidente de la Society for Scholarly Publishing, un groupe professionnel pour les éditeurs, dit sur Twitter: «Plus tôt cette semaine, les gens ont célébré la publication de documents sur les coronavirus sur des serveurs de préimpression. Il y a maintenant un rappel de ne pas les utiliser pour guider la pratique clinique car ils n'ont pas été revus. Les revues examinent les articles sur les coronavirus et obtiennent [them] publier rapidement. "

Kent Anderson, un autre vétéran de l'industrie de l'édition, l'a exprimé plus franchement: «Les journaux remportent la course aux coronavirus».

Les éditeurs cherchent depuis au moins un demi-siècle des moyens de marquer des points par rapport aux préimpressions – et de les arrêter. Des journaux ont déjà publié sans aucun doute un certain nombre d'articles importants sur le nouveau coronavirus. Les champions de l'industrie de l'édition sont souvent prompts à dire qu'un examen par les pairs rapide ne signifie pas un examen par les pairs bâclé – même dans les cas qui nécessitent des corrections massives.

Il s'avère maintenant que l'une des principales revues médicales à comité de lecture au monde, le New England Journal of Medicine, a publié la semaine dernière une lettre sur la transmission apparente de coronavirus d'une personne asymptomatique qui se révèle erronée. De telles lettres à l'éditeur ne sont généralement pas revues par des pairs, ou du moins pas aussi rigoureusement qu'une étude complète. Mais c'est un exemple flagrant de la façon dont un journal à comité de lecture peut finir par se tromper. Nous devons maintenant attendre et voir combien de temps il faut à NEJM pour corriger l'enregistrement.

Nous verrons si les champions de l'examen par les pairs, qui ne sont souvent pas disposés – à quelques exceptions notables et bienvenues – à reconnaître la lenteur et l'inefficacité de la correction en science, notent cet échec apparent de l'un de leurs gardiens. Cela pourrait, après tout, inciter certaines personnes à remettre en question les accords d'abonnement coûteux que les universités acceptent avec les éditeurs, ainsi que les frais de traitement des articles qui peuvent atteindre des milliers de dollars pour les publications en accès libre.

L'examen par les pairs peut ajouter un filtre précieux. Mais ceux qui travaillent dans l'édition semblent être tellement attachés au processus existant qu'ils ne peuvent pas admettre ses défauts – ou que ce serait une bonne idée d'embrasser également des serveurs de préimpression qui pourraient bouleverser leurs modèles commerciaux. Tout comme en politique, il est peut-être temps de convenir que le processus de publication est compliqué et de cesser d'utiliser des épisodes uniques, sans contexte, pour marquer des points contre ses rivaux.

Cet article a été mis à jour avec des informations sur un rapport erroné du New England Journal of Medicine.